歯の根の中や先端に細菌が残っていると、感染が再発して根尖性歯周炎を引き起こし、噛むと痛む・違和感・腫れなどの症状が出ることがあり、進行すると膿がたまる場合もあります。治療法として、再度根管治療を行うか、場合によって外科的に根の先端を切除する処置(根尖切除術)や再植を行うこともあります。

神経を取った歯は内部を削っているため健全歯に比べて脆くなります。そのため強い力や咬合の負荷によって歯の根が割れる「歯根破折」が起こることがあります。破折すると細菌が侵入し、痛みや歯ぐきの腫れを引き起こす原因になります。割れ目が深い場合、保存が困難となり、多くの場合抜歯が選択されます。

歯周病を併発すると、神経を取った歯でも痛むことはあります。特に、歯周ポケットが深い場合、根の周りまで炎症が波及するため、歯の痛みが強くなります。この場合、再根管治療に加えて歯周治療も行います。